一、菌種制作
食用菌菌種分三種即母種（一級種）、原種（二級種）、栽培種（三級種）
1.制作母種（一級種）
1.1菌種采集
選擇健壯無病蟲害的食用菌子實體。經表面消毒后，放在無菌的厚紙上，使子實體菌褶向下，在通風條件下經過12--24h，等子實體放出孢子后，將紙折疊起來風干，放入塑料袋中，里面放幾粒干硅膠，封好口，放入2--4℃冰箱中，可保存起來長期備用。
1.2母種培養基制作
配方：馬鈴薯200g、瓊脂20g、葡萄糖20g、純凈水1000ml。
先把馬鈴薯切成大約1cm大的小方塊，放入1000ml純凈水中煮30min，過濾后加入瓊脂、0.2-0.3%的磷酸二氫鉀、再加入20g葡萄糖，溶解后分別裝入試管，每個試管裝量1/5-1/4，用棉塞封好試管口，外加塑料膜扎緊，放入壓力滅菌鍋1.3㎏/cm滅菌30min，待溫度降至60℃將試管擺成30-35度傾斜面，冷卻后觀察幾天，無受到雜菌污染即可接種，孢子液用滅菌的自來水將孢子稀釋，在無菌操作環境下將孢子懸浮液移到試管瓊脂斜面上，在25℃下培養，很容易萌發生長成菌絲，然后用石蠟封口置于4-5℃恒溫箱中可保存6個月。
2.制作原種（二級種）
將木屑78%、麥麩20%、糖1%、石膏1%加入水拌勻（100kg料加125kg水），培養基原料拌勻后拿試紙測ph值，ph值在6-7為宜，然后裝入大口的罐頭瓶至瓶肩部，將培養料壓平壓緊，抹干凈瓶的培養料，拿完好無破損的塑料薄膜扎緊瓶口，放入壓力滅菌鍋1.4-1.5㎏/cm滅菌1.5-2h，冷卻至25℃即可進行無菌接種，用接種針從母種試管斜面上挑取少量菌絲體接入瓶中，接種后在25℃恒溫箱中培養30d菌絲可長滿，即可作為原種（二級種）。
3.制作栽培種（三級種）
栽培種就是將原種擴大繁殖，栽培種培養基制作和原種培養基制作一樣，裝瓶方法一樣，但是因為栽培種菌種數量遠遠大于原種數量，生產上栽培種滅菌需利用室外專門的常壓滅菌室滅菌，即蓋一個兩米見方的滅菌室，里面支一口大鐵鍋注滿水，鍋上放木板，將裝入瓶中的培養基整整齊齊碼在木板上方，點火加熱至100℃，保持10-12h，待自然冷卻至不燙手轉入室內，到培養基降溫至25℃即可進行無菌接種。一瓶750ml的原種可接70-75瓶左右的栽培種，接種后在25℃恒溫環境中培養30天菌絲長滿，即可作為栽培種（三級種）。原種和栽培種在培養菌絲期間每3d要檢查一次，以去除被雜菌污染的菌種并做無害化處理。
二、食用菌菌種的保存方法
食用菌菌種保存的原理是利用低溫、干燥、缺氧等手段來降低菌絲體的新陳代謝作用，以保持菌種在生理、形態、遺傳上的穩定性。食用菌菌種保存的方法有很多，但對于中小規模的食用菌生產者來說，一些簡單的土辦法經濟實惠，效果也不錯，這里主要介紹4種常用的食用菌母種保存方法：
1.斜面低溫保存母種法
這是最普遍最簡單的一種保存方法，也是在食用菌的生產中最常用的菌種保存方法。菌種在斜面培養基上成熟后，放到恒溫箱中5℃保存，每隔7個月移植轉管一次，在菌種的保存過程中要保證瓊脂濕度適宜，此法適宜90%以上的食用菌菌種的保存，但不宜保存草菇菌種，因為草菇是高溫型菌種，要在10-12℃保存，4-6℃低溫容易引起菌絲體死亡。
斜面低溫保存母種法保存時間有限，需經常轉管移植，以補充菌絲體的營養、水分。這種保存方法雖簡單易行，但缺點是對菌絲體創傷多，對人力消耗大，在食用菌大規模生產中還是要把此方法和其他方法結合起來，互相補充，減少轉接次數。
2.石蠟封口保存母種法
把蠟紙裁成7cm見方，放入高度酒精中浸泡2-3min，點燃酒精燈，將母種試管管口在酒精燈上烤一圈，用浸泡好的蠟紙扎緊試管口，將蠟紙完全浸入融化的石蠟液體中，使蠟紙緊緊貼在試管壁上，等石蠟凝固后檢查不漏氣，放到恒溫箱中5℃保存。
3.玻璃紙封口保存母種法
用明膠15g、硫酸銅2g、美藍指示劑2滴溶于100ml熱水中，配制成封口劑，將培養好的母種試管口朝下蘸上封口劑，貼上消毒好的玻璃紙。放到恒溫箱中5℃保存，此法可保存菌種一年以上。
4.菌絲體液體保存法
用馬鈴薯200g、葡萄糖20g、水1000ml配置好營養液，取菌絲塊放入營養液中，有菌絲的一面朝上，接種好后在適宜的溫度下培養，放到恒溫箱中5℃保存，此方法菌種成活率高，保存時間長，一般33個月成活率為91.9%、42個月88.9%。
5.麥粒保存法
首先選無病蟲害的小麥，在20℃的水里浸泡5h，使麥粒的含水量在25%，取出涼干麥粒表面水分，裝入試管，每個試管只能裝1/3，然后用高壓鍋在壓力120kg/cm下保持40min。將試管從高壓鍋中取出搖散麥粒，接入一滴菌絲懸浮液并搖一搖，使菌絲懸浮液均勻地沾滿麥粒，放在溫度25℃環境中培養，待大多數麥粒出現菌絲即可拿出，放在5℃恒溫箱中保存。此法可保存母種一年半以上。
食用菌菌種接種要嚴格執行無菌操作規程。放在恒溫箱里的菌種不可過分擁擠。溫度要控制好，不可過高或者過低，溫度過低培養基結冰脫水，菌絲容易衰老死亡，溫度過高會加快細胞新陳代謝，達不到長期保藏的目的。移植轉管前要使保藏的菌種置于適宜溫度下活化才能進行。菌種培養時間不可過長，以免降低菌絲體活力，保存時環境濕度不宜過高，以防霉菌通過棉塞進入試管內，污染菌種。
菌種保存要有標簽，標簽必須規范、清晰，字跡清晰可見，標簽上應標明菌種的名稱、菌種的代數、接種的時間等。一級種、二級種、三級種要分別保存。菌種還需專人保存，嚴格防止混淆，菌種保存過程中要防止不相關人員進入保存室，防至菌種污染。
