選用良種。選用高產、抗病的“雙低”油菜品種邡油777、陜油28、得中油339、中油雜39、漢油9號等品種，根腫病發生區選用秦優DK4、華油雜62R。
合理輪作。不從病區調運油菜種子；與其他非十字花科作物輪作，最好是與水稻輪作；根腫病重病田連續改種小麥或非十字花科作物4-5年，避免在低洼積水地塊或酸性土壤上種油菜。
精細整地。育苗移栽油菜苗床地應選擇地勢較高的地塊，盡量采取人工除草；淺旋耕直播應在水稻收割后，及時采用機械旋耕整地，要求使表土疏松細碎，田面平整無雜草，力爭一播全苗；播種前要開好三溝（邊溝、中溝、腰溝），做到明水能排，暗水自落。底肥盡量多施有機肥，避免大量使用化肥，以免土壤酸化，病田畝施150公斤石灰改變酸堿度，使得土壤呈微堿性，減輕病害。
藥劑拌種。油菜根腫病區采用10%氰霜唑拌種量為100毫升/千克的油菜種子包衣劑進行種子包衣，晾干后播種。苗床地播種前進行消毒工作，培育無病毒幼苗。在移栽前用石灰水（每桶20公斤加0.2-0.3斤石灰粉溶解）或50%福美雙1000倍液進行浸根或用作定根水。
病蟲防治。油菜越冬前主要防治小菜蛾、蚜蟲、菜青蟲、跳甲，可畝用2.5%氯氰菊酯1000倍液或10%吡蟲啉可濕性粉劑2500倍液噴霧防治；防治霜霉病畝用80%代森鋅可濕性粉劑500-800倍液噴霧。發現根腫病病株，及時拔除，攜出田外統一燒毀或深埋，不可任意丟棄，在病穴四周撒石灰，以防病菌蔓延。
